Ulicą tą, w średniowieczu, przebiegała linia miejskich murów obronnych. Zaczynały się przy Warcie ( brama Toruńska) i kończyły gdzieś w okolicach Fary ( brama Kaliska).
Ulica Wodna zatem była przejściem wzdłuż murów. Gdy na przełomie XVIII i XIX wieku przystąpiono do rozbiórki resztek fortyfikacji, na ich miejsce powstawać zaczęły domy. Nie tylko mieszkalne. Powstało miedzy innymi więzienie ( dziś przebudowane), ewangelicka szkoła wyznaniowa ( dziś wyburzona).
W 1936 roku zmieniono nazwę ulicy na Polskiej Organizacji Wojskowej. Po wojnie wróciła do swej dawnej nazwy związanej zapewne z powodziami, które w pierwszej kolejności zalewały Wodną.