Dnia 6 czerwca o zachodzie słońca po raz pierwszy na licheńskiej ziemi stanął wielki pielgrzym – Jan Paweł II. Wysiadł z helikoptera na lotnisku koło nowej świątyni, a następnie przejeżdżając papamobilem wśród potężnej rzeszy wiernych, udał się na kolację i nocleg. Trudno opisać radość i wzruszenie, które towarzyszyły oczekującym na Ojca Świętego pielgrzymom. Pomimo chłodu i ulewy trwali oni całą noc w oczekiwaniu na ponowne spotkanie z Ojcem Świętym następnego dnia rano.
W poniedziałek 7 czerwca 1999 r. o godz. 5 rano nastąpiło przeniesienie Cudownego Obrazu Matki 
Bożej Licheńskiej do ołtarza przed powstającą świątynią. O 6.00 rozpoczęła się Msza św. koncelebrowana przez około 500 kapłanów.
Około godz. 8.00 Ojciec Święty przyjechał do świątyni, zwiedził ją, a następnie odprawił nabożeństwo. Pobłogosławił budujący się kościół oraz zebranych na placu pielgrzymów. Po tej uroczystości poleciał do Bydgoszczy i Torunia, by wieczorem wrócić na nocleg do Lichenia.
Apartament papieski znajdował się w specjalnie dobudowanym do domu księży marianów skrzydle. Papież miał do dyspozycji ponad 50 metrów kwadratowych powierzchni: salonik, sypialnię, jadalnię, łazienkę, przedpokój i małą kaplicę, której wystrój przygotowali górale z Zakopanego. Znajdujące się w pomieszczeniach meble, wykonane z drewna dębowego, podarowali Mirosława i Jacek Twarogowie, właściciele Fabryki Mebli "Ludwik Styl" z Rogoźna Wielkopolskiego. Księża marianie postarali się, aby detale wyposażenia mieszkania przypominały Ojcu Świętemu, że znajduje się w ojczyźnie. Jego zdjęcie z mamą, ustawione na biurku w saloniku, było wspomnieniem z dzieciństwa.
Następnego dnia po śniadaniu, tuż przed wyjazdem, Ojciec Święty udał się do kaplicy, gdzie długo się modlił przed Obrazem Matki Bożej Licheńskiej, który wieczorem poprzedniego dnia przeniesiono do apartamentów papieskich. Odbył też osobistą rozmowę z ks. kustoszem Eugeniuszem Makulskim MIC. Wyraził w niej radość ze swojego pobytu w Sanktuarium Matki Bożej Licheńskiej.
Po zrobieniu wspólnej fotografii z księżmi i braćmi marianami oraz uroczystym pożegnaniu, następca Świętego Piotra odleciał do Ełku, pozostawiając po sobie wiele cudownych wspomnień i głębokich przeżyć.
Papież ofiarował Matce Bożej Licheńskiej, jako wotum, różaniec i kielich z pateną.
Galeria zdjęć autorstwa Franciszka Kupczyka
