Jan Paweł II w Licheniu pojawił się 6 czerwca 1999 roku. W poniedziałek, 7 czerwca, o godz. 5 rano przeniesiono Cudowny Obraz Matki Bożej Licheńskiej do tymczasowego ołtarza ustawionego przed powstającą świątynią. Około godz. 8.00 Ojciec Święty przyjechał do bazyliki, zwiedził ją, a następnie odprawił nabożeństwo, w trakcie którego pobłogosławił budujący się kościół oraz zebranych na placu pielgrzymów. Po uroczystości poleciał do Bydgoszczy i Torunia, by wieczorem do Lichenia wrócić na nocleg.
Ostatniego dnia pobytu, tuż przed wyjazdem, Ojciec Święty udał się do kaplicy, gdzie długo modlił się przed Obrazem Matki Bożej Licheńskiej. Rozmawiał także z ks. kustoszem Eugeniuszem Makulskim MIC, wieloletnim kustoszem licheńskiego Sanktuarium i pomysłodawcą budowy bazyliki. Po zrobieniu wspólnej fotografii z księżmi i braćmi marianami następca Świętego Piotra odleciał do Ełku, pozostawiając po sobie niezapomniane chwile.
W Sanktuarium Matki Bożej Licheńskiej pielgrzymi mogą zwiedzać apartamenty papieskie, znajdujące się w starej części Sanktuarium, które udostępnione są dziś od 9.00 do 16.00.
