O tym, by zostać księdzem, myślał już od dzieciństwa. Urodził się w Kotarszynie koło Ostrowca Świętokrzyskiego. W wieku trzech lat stracił ojca, który zmarł na zapalenie płuc.
Ks. Makulski skończył szkołę zawodową, a potem uczył się w liceum w Ostrowcu Świętokrzyskim. Po wojnie, w 1945 roku, wraz ze stryjostwem przeniósł się do Grudziądza. Należał do tzw. „Milicji Niepokalanej” – organizacji powołanej do życia przez św. Maksymiliana Marię Kolbe.
Do Zgromadzenia Księży Marianów dołączył w 1948 roku. 18 lat później, po ukończeniu studiów teologicznych, trafił do parafii św. Doroty w Licheniu Starym, aby przygotować koronację Cudownego Obrazu Matki Bożej Licheńskiej koronami papieskimi.
Mimo szykan władz komunistycznych, systematycznie rozbudowywał licheńskie Sanktuarium. Za samowole budowlane został skazany przez PRL-owskie sądy na siedem lat więzienia w zawieszeniu.
Jest głównym pomysłodawcą i budowniczym licheńskiej bazyliki, która w całości została sfinansowana z datków wiernych (budowa świątyni trwała w latach 1994-2004). Kościół konsekrował 12 czerwca 2004 roku nuncjusz apostolski w Polsce, abp Józef Kowalczyk. Wcześniej, w 1999 roku, w budującej się jeszcze bazylice modlił się Jan Paweł II podczas swojej siódmej pielgrzymki do Ojczyzny.
W 2004 roku ks. Eugeniusz Makulski przeszedł na zasłużoną emeryturę, otrzymując dożywotnio honorowy tytuł kustosza seniora Sanktuarium Matki Bożej Licheńskiej.
Obecnie mieszka w domu zakonnym Zgromadzenia Księży Marianów pw. Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny w Licheniu Starym.
