Znak stanowi kombinacja litery M (Muzeum, Miasto, Mehoffer), a także T (Turek). Całość ma przywodzić na myśl fasadę zabytkowego, monumentalnego budynku. Wcięcia stanowią zarówno okna budynku, jak i są nawiązaniem do witraży Józefa Mehoffera. Połączenie bieli i czerwieni jest odniesieniem do herbu miasta Turku. Czerwień natomiast wprowadza poczucie elegancji i stabilności.
Na podstawie zwycięskiego logo opracowany zostanie nowy system identyfikacji wizualnej muzeum. W Konkursie na logo Muzeum Miasta Turku im. Józefa Mehoffera wzięło udział 61 osób, które zaproponowały w sumie 106 projektów.