Do 1608r. nie wykonano żadnych remontów ani zmian. Stary kościół posiadał trzy ołtarze: główny - MB Częstochowskiej i boczne: św. Antoniego i św. Małgorzaty. Wprawdzie dziedzic witkowski - Andrzej Przyjemski postanowi na początku XVIIw. wybudować nowy obiekt, ale swego zamierzenia nigdy nie spełnił. Dopiero w 1676r. pobudowano kościół drewniany, a było to zasługą O. Stanisława Przełuskiego - benedyktyna. Stanęła 2-częściowa świątynia z wyodrębnionym prezbiterium i nawą główną o wymiarach 21,5m x 10,5m, która przetrwała 145 lat. 1.IX.1823r. wybuchł pożar, który strawił cały kościół, plebanię, organistówkę i zabudowania gospodarcze. Wtedy zbudowano tylko skromną kaplicę - wykorzystując ocalałe po pożarze drewno.
Dopiero 18.VII.1836r. został poświęcony i wmurowany kamień węgielny pod obecny kościół. Dokonał tego ks. Dziekan Sucharski. Pracami budowlanymi kierował początkowo ks. Trudziński - proboszcz z Mielżyna, który zarządzał wówczas parafią witkowską. Ks. Abp Dunin wydelegował równieżKs. Dziekana Sucharskiego do poświęcenia kościoła św. Mikołaja, co nastąpiło 7.X.1838r. Główne zasługi w odbudowie świątyni posiada hrabia Wołłowicz - dziedzic dóbr witkowskich. Fundusz wsparła również powszechna kolekta, ofiary parafian oraz pomoc synagogi żydowskiej. Dołączyli także: emerytowany Ks. Prob. Ożarowski i Joanna Longowa - dziedziczka dóbr Malachowo - Szemborowice. Budynek był jednak bardzo ubogi: posadzka z cegły, a ołtarze prowizoryczne. Dopiero Ks. Prob. Paweł Krygier w latach 1855-65 zbudował nowy ołtarz główny w stylu neoklasycystycznym, który następnie został konsekrowany 11.11.1889r. przez Ks. Bpa Likowskiego - Sufragana Poznańskiego.

Pod koniec XIXw. Ks. Dziekan Marcin Nożownik dobudował kruchty i wieżę. Natomiast kaplice: Matki Bożej i Serca Pana Jezusa zbudował w latach 1906-7 Ks. Prał. Tadeusz Skarbek-Malczewski. Z jego inicjatywy w 1913 r. zostały ufundowane również dzwony, które otrzymały imiona: św.Wojciech, św.Kazimierz, św.Stanisław Kostka, Aniołowie Pańscy i sygnaturka św. Mikołaja. Obecnie posiadają napęd elektryczny. W 1921r. Ks. Prałat zostaje proboszczem Fary Bydgoskiej (dzisiejszej katedry), zaś tutaj rozpoczął pracę Ks. Prob. Bronisław Kaźmierczak - zapamiętany jako gorliwy duszpasterz do 1940r.

Niestety, 1.IX.1939r. wybuchła II wojna światowa. Już 11.IX. Witkowo zostało zajęte przez oddziały niemieckie. Rozpoczął się długi okres okupacji hitlerowskiej: wielu mieszkańców zostało rozstrzelanych, aresztowanych, wywiezionych do obozów koncentracyjnych i wysiedlonych do Generalnego Gubernatorstwa. Wyzwolenie nastąpiło dopiero 21.I.1945 r. Niestety Polska nie odzyskała pełnej wolności! Przez długie lata, aż do 1989r. panował reżim komunistyczny z powszechnym ustrojem socjalistycznym. Kościół był nieustannie prześladowany i ograniczony w swej działalności duszpasterskiej.

Obecna polichromia kościoła została wykonana w 1955 r. przez Prof. Jerzego Hoppena oraz Prof. Leonarda i Annę Torwirt z Torunia - na polecenie Ks. Prob. Romana Fręśko. Obrazy w nawie głównej i kaplicach zostały wypracowane techniką "al fresco", natomiast malowidła na ścianach kaplic metodą "agraffito". Obrazy: MB Wniebowziętej w prezbiterium oraz św. Mikołaja w ołtarzu głównym malował Prof. Leon Drapiewski z Poznania. Obraz NMP Niepokalanej wykonał Prof. Hoppen, a malowidło św. Rodziny - Prof. Kwiatkowski z Warszawy.