Bp Krzysztof Wętkowski urodził się 12 sierpnia 1963 r. w Gnieźnie. Ukończył miejscową szkołę podstawową, a następnie II Liceum Ogólnokształcącego (obecnie im. Dąbrówki). Po zdaniu matury wstąpił do Prymasowskiego Wyższego Seminarium Duchownego w Gnieźnie. Święcenia kapłańskie przyjął w katedrze gnieźnieńskiej 4 czerwca 1988 r. z rąk Prymasa Polski kard. Józefa Glempa. 1 lipca 1988 r. został mianowany wikariuszem w parafii farnej pw. św. Marcina i Mikołaja w Bydgoszczy (obecnie katedra bydgoska). Wypełniał także obowiązki kapelana i sekretarza bp. Jana Nowaka, wówczas biskupa pomocniczego gnieźnieńskiego, wikariusza biskupiego Prymasa Polski dla miasta Bydgoszczy, późniejszego biskupa siedleckiego. W 1989 r. został skierowany na studia specjalistyczne z zakresu prawa kanonicznego na Katolickim Uniwersytecie Lubelskim, które zakończył uzyskaniem tytułu doktora nauk prawnych w zakresie prawa kanonicznego. Po ukończeniu studiów specjalistycznych wrócił do archidiecezji gnieźnieńskiej, gdzie w 1994 r. abp Henryk Muszyński mianował go rzecznikiem prasowym oraz referentem ds. środków społecznego przekazu Kurii Metropolitalnej w Gnieźnie. Pełnił także obowiązki ojca duchownego w Prymasowskim Instytucie Teologicznym w Gnieźnie. W latach 1995-2012  pełnił obowiązki kanclerza Kurii Metropolitalnej w Gnieźnie. W ramach prac przygotowawczych do synodu diecezjalnego kierował pracami komisji ds. struktur kościelnych. Pełnił również obowiązki sekretarza komisji organizacyjnej ds. Jubileuszu 1000-lecia śmierci św. Wojciecha oraz Archidiecezjalnego Komitetu Pielgrzymki Papieskiej w 1997 r. Był przewodniczącym Międzydiecezjalnej Komisji Historycznej archidiecezji gnieźnieńskiej i diecezji bydgoskiej.

27 kwietnia 2021 r. została ogłoszona decyzja Ojca Świętego Franciszka o mianowaniu biskupa Krzysztofa Wętkowskiego 77. biskupem włocławskim.