Obchody rozpoczną się w czwartek 30 maja Mszą św. celebrowaną o 9.00 w katedrze gnieźnieńskiej pod przewodnictwem Prymasa Polski abp. Wojciecha Polaka. Wspólna modlitwa otworzy także dwudniową konferencję naukową poświęconą papieskiej pielgrzymce, którą organizują wspólnie: Instytut Pamięci Narodowej, Wydział Teologiczny poznańskiego UAM oraz archidiecezja gnieźnieńska.

Konferencja odbędzie się w Centrum Edukacyjno-Formacyjnym w Gnieźnie (30 i 31 maja) i będzie miała charakter otwarty. Prelekcje przybliżające kulisy i przebieg historycznej pielgrzymki, a także jej znaczenie i późniejsze konsekwencje wygłoszą historycy i znawcy tematu z różnych ośrodków naukowych i badawczych. 

W rocznicowe obchody wpisze się również jutrznia lednicka w katedrze gnieźnieńskiej, która od wielu lat poprzedza apel młodych na Polach Lednickich. Modlitewne spotkanie odbędzie się 1 czerwca o 9.00 z udziałem abp. Wojciecha Polaka. Z racji obchodów, po zakończeniu nabożeństwa, młodzi spotkają się – tak, jak to miało miejsce przed 40 laty – pod balkonem papieskim Rezydencji Arcybiskupów Gnieźnieńskich, gdzie wspólnie się pomodlą, zaśpiewają, a także wysłuchają słów, które w 1979 roku Jan Paweł II skierował do ich rodziców i dziadków, przypominając im o niezastąpionej roli kultury w trwaniu narodu oraz o wierności dziedzictwu, którego są spadkobiercami. To historyczne spotkanie młodych z papieżem na gnieźnieńskim Wzgórzu Lecha uznawane jest przez wielu za początek szczególnego dialogu, jaki Jan Paweł II prowadził z młodymi przez cały pontyfikat, i którego bezprecedensowym przejawem były – organizowane do dziś – Światowe Dni Młodzieży, a w Polsce spotkania lednickie, których papież Polak był inspiratorem.

Centralnym punktem jubileuszowych uroczystości w Gnieźnie będzie Msza św., celebrowana pod przewodnictwem Prymasa Polski w niedzielę 2 czerwca o godzinie 11.30 w kościele ojców franciszkanów, gdzie przed 22 laty papież Jan Paweł II koronował obraz Matki Bożej Pocieszenia Pani Gniezna. Podczas Eucharystii będzie miało miejsce oficjalne ogłoszenie świątyni Diecezjalnym Sanktuarium Matki Bożej Pocieszenia i bł. Jolenty, której relikwie są do dziś ze czcią w tym miejscu przechowywane. W niedzielę wieczorem z kolei w katedrze gnieźnieńskiej odbędzie się IX Koncert Prymasowski.

Kolejnego dnia czyli 3 czerwca obchody przeniosą się z Gniezna do Gębarzewa, gdzie w 1979 roku papież wylądował. Od 18.30 trwać tam będą muzyczne występy. O 19.00 modlitwę poprowadzi abp Wojciech Polak, a po niej rozpocznie się koncert i piknik. Przygotowana zostanie też wystawa archiwalnych zdjęć. Całość zakończy się o 21.00 Apelem Jasnogórskim. Dla chętnych zorganizowany zostanie bezpłatny transport zarówno na miejsce, jak i z powrotem. W ramach rocznicowego świętowania na Wzgórzu Lecha odbędą się też 3 i 4 czerwca od 18.30 koncerty fortepianowe w ramach projektu „Fortepiany wolności”.

Pierwsza pielgrzymka papieża Jana Pawła II do Ojczyzny odbyła się w dniach 2-10 czerwca 1979 roku. W pierwotnym programie Gniezno nie zostało ujęte. Dopisano je na prośbę samego papieża. Papież wylądował w Warszawie 2 czerwca. W dniach 3-4 czerwca odwiedził Gniezno. Następnie 4-6 czerwca Częstochowę, 6 czerwca Kraków, 7 czerwca Kalwarię Zebrzydowską, Wadowice i Oświęcim, 8 czerwca Nowy Targ i 8,9,10 czerwca ponownie Kraków.

Wizyta Jana Pawła II w mieście św. Wojciecha, podobnie jak cała pielgrzymka, była nie tylko wielkim przeżyciem duchowym, ale i wydarzeniem o doniosłych następstwach społeczno-politycznych. Odbyła się – jak napisał w jednym z artykułów abp Henryk Muszyński: „kiedy struktury komunizmu były jeszcze trwałe i mocne, a obecność papieża w Polsce była uważnie śledzona nie tylko przez komunistyczne władze Polski, ale także przez przywództwo całego bloku komunistycznego. Pielgrzymka ta miała trudne do przecenienia skutki dla przyszłości Kościoła, a pośrednio także dla ateistycznego systemu komunistycznego w Polsce i Europie”